בחירת חברת איחסון אתרים איננה החלטה פשוטה, היא כוללת מספר לא מועט של מרכיבים שיש לקחת בחשבון:
א. שטח האיחסון ותעבורת הנתונים הדרושים לאתר
ב. בחירת מיקום השרת שבו יתאחסן אתרינו (בארץ או בחו"ל?)
ג. התקציב אותו אנו מעמידים לרכישת איחסון האתר
ועוד.. וכמובן, כל המרכיבים תלויים אחד בשני, לדוגמא לרוב איחסון אתר בחו"ל יהיה לנו הרבה יותר משתלם כלכלית, אך מנגד, מהירות הגישה לאתר והתמיכה לה נזדקק יושפעו .


אז ראשית נציג את מערכות ההפעלה בהן נדון שהן הנפוצות ביותר:
Windows server ו מערכות הפעלה מבוססות Linux.

נתחיל במערכת ההפעלה Linux, אשר מפורסמת ונפוצה בזכות היותה מערכת הפעלה open source, כלומר שקוד המקור שלה הוא חופשי(להבדיל מווינדוס) והמפתחים שלה הינם מתנדבים אשר עוסקים בפיתוח מתמיד שלה.
לרוב, רוב האפליקציות אשר רצות על Linux ניתנות להורדה ולהתקנה בחינם (למעט פאנל הניהול) ולכן אחד היתרונות הבולטים הוא ב מחיר.
חבילות איחסון אתרים על גבי שרתי לינוקס לרוב יהיו במחיר זול יותר מאשר חבילות איחסון על גבי Windows (עליה נרחיב את הדיבור בהמשך)
עניין נוסף חשוב לגבי מערכת ההפעלה לינוקס הוא עניין האבטחה, לינוקס נחשבת למערכת הפעלה מאובטחת יותר, שכן עדכוני האבטחה שלה זמינים ברשת האינטרנט באופן רציף, כמו כן מערכת ההרשאות של מערכת ההפעלה ובשימוש נכון שלה מאפשרת אבטחה מוגברת.

לגבי החסרונות של מערכת ההפעלה לינוקס:
החסרונות הן כתוצאה מהחלטת מפתחת מערכת ההפעלה המתחרה, מיקרוסופט להגביל את השימוש בשפות התיכנות שלה למערכת ההפעלה שלה בלבד.
מה זה אומר בפועל? שאם האתר שלכם כתוב ומתבסס על שפות התיכנות: ASP/ASP.NET ונעשה שימוש ב Microsoft Framework אתם חייבים להתאחסן על שרת אשר מופעל עליו מערכת ההפעלה Windows.

מערכת ההפעלה ווינדוס:
לכן, היתרון המרכזי בשימוש במערכת ההפעלה Windows הינו אם אתרכם מבוסס על אחת מהשפות אשר צויינו, יתרון נוסף הוא שמערכת ו PHP (שהינה שפת תיכנות נפוצה גם היא) מבוססת open-source שרתי ווינדוס לרוב תומכים גם בה, כך שנוצר מצב ששרתי ווינדוס תומכים גם בASP וגם ב PHP (שהן שפות התיכנות הנפוצות ביותר בשוק).

החסרון בווינדוס, להבדיל משרתי הלינוקס היא שמערכת ההפעלה דורשת רישיון בתשלום, וכמו כן הקומפוננטים ושאר האפליקציות אשר לרוב דרושות לשרת WINDOWS מבוססות על רישיונות בתשלום ולכן שרתי איחסון Windows יהיו יקרים יותר משרתי Linux

לסיכום, במידה ומתאפשר, מומלץ להתבסס על שפת התיכנות PHP אשר נתמכת גם על שרתי לינוקס ווינדוס, ובמצב כזה, ששתי האופציות עומדות לפניכם - שרתי הלינוקס הם האופציה המועדפת מבחינת מחיר, ומבחינת עמידות השרתים.